Die Projektdurchführungsphase umfasst die Laufzeit des jeweiligen Projekts (24 bis 36 Monate). In dieser Phase ist von Durchführungsorganisationen jährlich über den Fortschritt ihrer Projekte zu berichten. Zwischennachweise bestehen aus einem fachlichen und administrativen Teil (siehe Vorlage -- in Vorbereitung) und sind dem IKI Secretariat der ZUG jährlich bis zum 30. April für den Zeitraum des vorangegangenen Kalenderjahres vorzulegen sind. Das IKI Secretariat prüft die Zwischennachweise binnen etwa drei Monaten nach deren Erhalt. Falls nötig, werden von Durchführungsorganisationen weitere Informationen eingefordert.
Im Rahmen des IKI-Wissensmanagements werden Durchführungsorganisationen außerdem aufgefordert, halbjährliche Projekt-Updates (siehe Vorlage -- in Vorbereitung) bis zum 31. März und 30. September jedes Jahres beim IKI Secretariat einzureichen.